2015年9月、国家税務総局は＜「三証合一」登記制度改革の実施に関する通知＞（税総函〔2015〕482号）を公布し、「三証合一」「一照一碼」制度に関する具体的な登記方法を提示しました。
これによると、2015年10月1日から2017年末までにおける移行期間において、「一照一碼」に切り替えていない証書（営業許可証、組織機構コード証、税務登記証）はすべて引き続き使用可能とされていますが、移行期間終了後、「一照一碼」に切り替えていない証書は無効と通知されています。
したがって、2017年末までのいずれかのタイミングで変更が必要となりますが、変更することで従来の「税務登記番号」が「統一信用コード」に変わることになります。
これにより、現時点で把握している限りでは以下のような実務面での影響があります。
① 従来締結していた三方協議が無効になる。
企業と銀行、税務局で三方協議を締結していることで、オンラインでの納税ができるようになりますが、税務登記番号が統一信用コードに変わりますと、もともとの協議上の税務登記番号と変わってしまうことにより、オンラインでの納税ができなくなってしまいます。
したがって、特に申告納税期間中に変更してしまったりすると、納税作業に大きく影響してしまうと思われます。
② 増値税仕入発票の認証ができなくなる
増値税の仕入税控除の際には、まず仕入発票の認証という作業（簡単に言うと、本物の発票であることの鑑定作業）が必要となります。
仕入税控除に必要となる増値税専用発票には受取側の税務登記番号が記載されておりますが、もしこの番号が異なっている場合、仕入発票の認証がなされず、仕入税控除ができなくなってしまいます。
また、発行する側も、認証ができないとして取引先から再発行を要求された場合、増値税赤字発票の手続が必要になります。
したがって、取引先が統一信用コードへの変更を行ったかについて、適時に確認を行う必要があると思われます。
上記はあくまで現時点での問題点の例で、このほか納税システムの設定変更などの処理も必要になると思われます。地域ごとでの取り扱いの違いもあると思われますが、これらのように、特に新政策の実施の初期においては、実際の操作上で様々な問題が起きやすいため、変更手続を行う際にはその点に十分ご留意下さい。